조합원입주권 양도 시, 비과세와 장기보유특별공제는 절세의 중요한 포인트입니다. 하지만 관리처분계획인가일 이후 기간은 보유·거주기간에서 제외된다는 사실을 놓치기 쉽습니다. 예를 들어, 고훈민씨는 2016년 A주택을 취득해 2020년 관리처분계획인가에 따라 조합원입주권으로 전환된 후에도 2023년까지 계속 거주했지만, 2024년 양도 당시 장기보유특별공제를 잘못 적용해 양도소득세를 추가 납부하게 되었습니다.
조합원입주권 양도 시 1세대 1주택 비과세 혜택은 양도가액 12억 원까지 적용되며, 이를 초과하는 금액에 대해서는 장기보유특별공제율을 적용할 수 있습니다. 하지만 관리처분계획인가일 이후 기간은 보유·거주기간에서 제외되므로, 주택 보유기간만 공제율 계산에 포함됩니다. 부동산 권리(입주권)에는 장기보유특별공제가 적용되지 않기 때문입니다.
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고훈민씨는 2016년 1월에 취득한 A주택이 2020년 2월 관리처분계획인가를 받아 조합원입주권으로 전환되었으나, 사업 지연으로 2023년 2월까지 해당 주택에 거주하고 2024년 3월 A조합원입주권을 양도하였습니다. 이 과정에서 고훈민씨는 A주택 취득일부터 입주권 양도일까지의 전 기간을 보유·거주기간으로 보고 1세대 1주택 장기보유특별공제율 64%를 적용해 신고하였으나, 관리처분계획인가 이후의 기간은 공제 대상이 아님을 간과하여 양도소득세를 추가로 납부하게 되었습니다.
결과적으로 4년(32%) 기준 공제를 적용받아 세금이 1억 300만원으로 증가하였으며, 기존 64% 공제 시와는 5,900만원 차이가 발생했습니다.
사례 설명
조합원입주권을 양도하는 경우, 해당 입주권 외에 다른 주택이 없으면 양도가액 12억 원까지 비과세 혜택을 받을 수 있습니다. 하지만 양도가액이 12억 원을 초과하는 부분에 대해서는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 적용됩니다.
이때, 장기보유특별공제율을 산정할 때는 관리처분계획인가일부터 양도일까지의 기간이 보유·거주기간에서 제외된다는 점을 반드시 유의해야 합니다.
고훈민씨의 경우, A주택을 2016년 1월에 취득하고 2020년 2월에 관리처분계획인가를 받았기 때문에, 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 4년만 보유·거주기간으로 인정받아 공제율 32%를 적용받을 수 있었습니다. 결과적으로 보유 4년과 거주 4년을 각각 4%씩 더해 32%의 공제가 가능했으며, 관리처분계획인가 이후의 기간은 공제에 포함되지 않습니다.
양도 전 체크포인트
장기보유특별공제는 부동산(토지·건물)에 대해 적용되며, 부동산을 취득할 수 있는 권리(조합원입주권)에는 적용되지 않습니다. 즉, 조합원입주권을 양도하는 경우에는 주택으로서 보유한 기간에 대해서만 장기보유특별공제가 적용됩니다.
따라서, 입주권을 양도할 때 주택에 해당하는 기간만 장기보유특별공제를 받을 수 있으며, 입주권의 보유기간은 장기보유특별공제 계산에 포함되지 않습니다. 고훈민씨의 경우처럼, 관리처분계획인가일 이후부터 양도일까지의 기간은 입주권의 보유·거주기간으로는 인정되지 않으므로, 해당 기간을 공제율 산정에서 제외해야 합니다.
이러한 점을 유의하여, 조합원입주권 양도 시 비과세 혜택이나 공제율을 정확히 계산하는 것이 중요합니다.
절세 팁
조합원입주권을 양도하는 경우와 완공된 신축주택을 양도하는 경우에는 1세대 1주택 비과세 판정 시 보유·거주기간과 장기보유특별공제율 산정을 위한 보유·거주기간 계산방법에 차이가 있기 때문에 각 상황에 맞게 정확한 계산이 필요합니다.
- 조합원입주권 양도:
- 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리이기 때문에 입주권 자체에 대한 보유기간과 거주기간은 장기보유특별공제 계산에서 제외됩니다.
- 주택으로서 보유한 기간만이 장기보유특별공제 적용 대상이 됩니다. 예를 들어, 관리처분계획인가일 이후의 기간은 보유·거주기간으로 산정되지 않습니다.
- 신축주택 양도:
- 신축주택의 경우 완공된 주택에 대해 보유·거주기간을 취득일부터 양도일까지 모두 포함하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있습니다.
- 즉, 주택을 실제로 보유하고 거주한 기간에 대해 장기보유특별공제가 계산되므로, 보유 및 거주기간을 모두 고려해야 합니다.
조합원입주권 양도 시 비과세 요건 (소득법§89①4.)
조합원입주권을 양도할 때 비과세를 적용받기 위한 조건은 다음과 같습니다:
- 기존주택이 관리처분계획인가일 등 현재 비과세 요건을 갖추었을 것:
- 양도하는 기존주택이 비과세 조건을 충족해야 하며, 관리처분계획인가일 이후에 해당 주택이 비과세 요건을 갖추었는지 확인해야 합니다.
- 조합원입주권 양도일 현재 아래의 요건을 충족해야 함:
- ㉠ 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 않을 것:
- 양도일 당시 다른 주택이나 분양권을 보유하고 있지 않아야 하며, 조합원입주권만을 보유하고 있어야 비과세가 적용됩니다.
- ㉡ 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우로서 1주택을 취득한 날부터 3년 이내 해당 조합원입주권을 양도할 것 (분양권을 보유하지 않은 경우로 한정):
- 이 조건은 주택을 보유한 상태에서 조합원입주권을 양도하는 경우, 1주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 조합원입주권을 양도해야 한다는 조건입니다. 이 경우 분양권을 보유하지 않은 상태여야 합니다.
- ㉠ 양도일 현재 다른 주택 또는 분양권을 보유하지 않을 것:
따라서, 조합원입주권을 비과세로 양도하려면 기존주택이 비과세 요건을 충족하고, 양도 시점에 다른 주택이나 분양권을 보유하지 않거나, 3년 이내에 주택을 취득한 후 조합원입주권을 양도하는 조건을 충족해야 합니다.
재개발·재건축 관련 장기보유특별공제 적용 시 보유·거주기간 판단
| 구분 | 종전부동산 취득 -> 조합원입주권 양도 | 종전부동산 취득 -> 신축부동산 양도 | |
| 1세대 1주택 판단 | 보유기간 | 취득일~인가일 | 취득일~양도일 |
| 거주기간 | 위 보유기간 중 실제 거주기간 | ||
| 장기보유특별공제율 신청 | 보유기간 | 취득일~인가일 | 취득일~양도일 |
| 거주기간 | 위 보유기간 중 실제 거주기간 | ||
관련사례
관련 사례1
재건축주택의 보유기간 및 거주기간의 계산방법 ( 서면인터넷방문상담4팀-179, 2006.2.2. )
도시및주거환경정비법(구 주택건설촉진법)에 의한 재건축한 주택을 양도하는 경우 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제154조 제1항의 1세대 1주택의 비과세 판정 및 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제율을 적용하는 보유기간의 계산은 멸실된 구주택의 보유기간과 재건축기간 및 재건축한 신 주택의 보유기간을 합산하는 것이며, 거주기간은 멸실된 구주택에서 실제거주기간과 신 주택에서의 거주기간을 합산하는 것입니다.
관련 사례2
관리처분계획인가 후 사실상 주거용으로 사용하는 경우 보유기간 계산방법 ( 부동산거래관리과-232, 2012.4.23. )
조합원입주권 비과세 특례와 관련하여 기존주택의 보유기간을 계산할 때 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일 이후에는 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에만 이를 주택으로 보아 보유기간을 계산하는 것입니다.
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